Priručnik za određivanje morskih staništa u Hrvatskoj obuhvatio je morska staništa u Hrvatskoj uključena u ekološku mrežu NATURA 2000 uz iznimku preplavljenih ili dijelom preplavljenih morskih špilja (obrađene u Priručniku za određivanje podzemnih staništa u Hrvatskoj prema Direktivi o staništima EU) te morskih staništa u sublitoralu koja su djelomično obrađena u ovom priručniku, ali su tijesno vezana za staništa opisana u Priručniku za određivanje kopnenih staništa u Hrvatskoj prema Direktivi o staništima EU. Priručnik je namijenjen širokom spektru korisnika koji se žele upoznati sa stanišnim tipovima navedenim u Dodatku I Direktive o staništima, detaljnije opisanim u Priručniku za interpretaciju staništa Europske unije EUR28. U priručniku su opisane karakteristike morskih stanišnih tipova navedenih u Direktivi, ali je navedena i njihova veza sa stanišnim tipovima iz Nacionalne klasifikacije staništa (NKS) te su posebno opisane specifičnosti pojedinih stanišnih tipova na području Republike Hrvatske. Uz svako stanište navode se podaci o stanju ugroženosti u Hrvatskoj te mjere njihove zaštite.