Na europskoj razini podzemna staništa prepoznata su kao ugrožena, tj. kao prirodna staništa koja zahtijevaju posebne mjere za očuvanje (8310 špilje zatvorene za javnost i 8330 preplavljene ili djelomično preplavljene morske špilje), čime su postala sastavni dio Dodatka I Direktive o staništima. Priručnik za određivanje podzemnih staništa u Hrvatskoj prema Direktivi o staništima EU namijenjen je širokom spektru korisnika koji se žele upoznati sa pristupom korištenim pri opisu podzemnih stanišnih tipova u Priručniku za interpretaciju staništa Europske unije EUR28 te sa njihovom vezom sa podzemnim stanišnim tipovima iz Nacionalne klasifikacije staništa (NKS). U Priručniku su posebno opisane specifičnosti pojedinih podzemnih stanišnih tipova na području Republike Hrvatske. Uz svako stanište navode se podaci o stanju ugroženosti u Hrvatskoj te mjerama njihove zaštite.