Potpora iz EU fondova
Hrvatska je koristila pomoć EU iz različitih fondova za projekte vezane uz pripremu prijedloga Natura 2000 tijekom kojih je kroz primljenu stručnu i financijsku pomoć služba zaštite prirode značajno ojačala te stekla potrebna znanja za uspostavu i provedbu ekološke mreže.
LIFE III "Uspostava Nacionalne ekološke mreže kao dijela Sveeuropske ekološke mreže i mreže Natura 2000 (CRO NEN) " (2002.-2005.)
Nositelj projekta bio je tadašnji Državni zavod za zaštitu prirode (pravni sljednik HAOP). Ovaj projekt je postavio temelje za izradu ekološke mreže u Hrvatskoj kroz nekoliko aktivnosti. Europski centar za zaštitu prirode iz Nizozemske (ECNC) proveo je obuku djelatnika nadležnih tijela za zaštitu prirode o EU zakonodavstvu i praksi vezanoj uz ekološku mrežu. Zavod je prikupio i obradio veliki broj postojećih podataka iz raznih izvora te priredio prostornu (GIS) bazu - kartu predloženih područja Nacionalne ekološke mreže koja je predstavljala osnovu za mrežu Natura 2000. Istovremeno se radilo na uspostavljanju Nacionalnog sustava monitoringa biološke raznolikosti koji uključuje različite skupine zainteresiranih sudionika u monitoringu - znanstvene i stručne institucije, udruge, škole i druge. Tiskano je nekoliko tematskih brošura, održan niz radionica te proveden opsežan projekt prebrojavanja gnijezda lastavica i piljaka sa školama iz cijele Hrvatske.
PHARE 2005 „Institucionalno jačanje i provedba ekološke mreže Natura 2000 u Hrvatskoj" (2008.-2009.)
DZZP je 2008. godine priredio prijedlog mreže Natura 2000 za Hrvatsku. Kroz PHARE projekt za taj je prijedlog proveden opsežan konzultacijski proces sa zainteresiranim sektorima i drugim dionicima. Održana su dva kruga radionica kroz koje je prikupljen velik broj primjedbi te je sukladno njima Zavod revidirao prijedlog. Kroz projekt su u suradnji s lokalnim dionicima izrađena dva plana upravljanja za potencijalna Natura 2000 područja: Vransko jezero i Jasen te područje važno za velike zvijeri Gorski kotar, Primorje i Sjeverna Lika. Dio projekta odnosio se na obuku nadležnih tijela o mehanizmu ocjene prihvatljivosti za ekološku mrežu, a također je tiskan niz brošura, letaka, plakata i drugih promidžbenih materijala. Svi rezultati projekta, uključujući i prostornu bazu podataka o predloženim Natura 2000 područjima objavljeni su na web stranici.
IPA 2007 „Utvrđivanje potencijalnih Natura 2000 područja u moru u cilju uspostave mreže Natura 2000 za Hrvatsku" (2010.-2011.)
Prijedlog mreže Natura 2000 kojega je izradio DZZP ostao je nedovršen u svom morskom dijelu, s obzirom na mali broj postojećih podataka o rasprostranjenosti Natura 2000 morskih vrsta i staništa u hrvatskom dijelu Jadrana, a naročito u područjima udaljenim od obale. Kroz ovaj projekt u suradnji s međunarodnim stručnjacima se izradio detaljni plan za utvrđivanja svih potencijalnih Natura 2000 područja u moru. Isplanirano je kartiranje dubokoga mora što je zahtijevalo uporabu istraživačkih brodova i posebne tehnologije. Također, je provedena obuka djelatnika DZZP-a o monitoringu i izvješćivanju prema zahtjevima Direktive o staništima te daljnji razvoj Nacionalnog sustava monitoringa biološke raznolikosti kroz obuku amatera - članova ronilačkih klubova i centara te njihovo uključivanje u kartiranje i monitoring morskih vrsta i staništa.
IPA 2009 „Natura 2000: Uspostava upravljanja i monitoringa (MAN-MON)" (2011.-2013.)
Nositelji projekta su Ministarstvo nadležno za poslove zaštite prirode-Uprava za zaštitu prirode i DZZP. Svrha projekta je izgradnja kapaciteta za upravljanje Natura 2000 područjima kroz izradu šest planova upravljanja za odabrana područja u različitim županijama: Spačvanske šume u Vukovarsko-srijemskoj županiji, lokalitet Pregon u Istarskoj županiji važan za leptire, Konavosko polje i Snježnica u Dubrovačko-neretvanskoj županiji, Odransko polje u Sisačko-moslavačkoj županiji, travnjaci Bulji u Ličko-senjskoj županiji te međugranična rijeka Sutla u Krapinsko-zagorskoj županiji. Projekt je također pridonio razvoju i provedbi nacionalnog okvira za monitoring u cilju izvješćivanja prema Direktivi o staništima.